Cơ quan quản lý nhập cảnh và cư trú đối với người nhập cảnh, người Nhật, và người nước ngoài ở Nhật Bản, tiến hành kiểm tra và xác nhận khi người dân Nhật, người nước ngoài ra vào hoặc trở về nước. Ngoài ra, cơ quan này thực hiện các thủ tục liên quan để người nước ngoài nhập cảnh tiếp tục lưu trú tại Nhật Bản, cũng như công việc trục xuất người nước ngoài bất hợp pháp ra khỏi nước, phối hợp với các cơ quan liên quan để thực hiện chính sách cần thiết cho việc sống chung với người nước ngoài. Ngoài ra, cơ quan này còn tiến hành các thủ tục xác định tị nạn khi người nước ngoài có nguy cơ bị đối xử tàn tệ hoặc bị hành hạ tại Nhật Bản và yêu cầu sự bảo hộ.